拜月教主跳入水魔兽身体中，然后与水魔兽合体，造成南绍国洪水泛滥。李逍遥和阿奴奋力阻止合体，但效果不佳。在这关键时刻，赵灵儿决定履行她女娲族的使命，印封拜月，与之一同消散。在落日的余辉映照下，天蛇杖缓缓落下。经过这一番悲痛，李逍遥辞别阿奴，踏上返乡之路。阿奴黯然神伤地吹笛为他送行。风雪茫茫，李逍遥举步为艰，迷茫间，远远看见雪中的一棵大树下，一个*悉的身影在默默守候，原来是林月如（这应该是圣姑所要的那36只傀儡虫的作用了）手撑一伞，怀抱小忆如，正深情地望着他。
以下是仙剑奇侠传1几个版本之间的区别：
即DOS版，仙剑的*早版本，曾经感动过一代人，但受条件限制，画面简陋，而且没有物品和技能的说明，玩家只能凭经验试，而且一些剧情(包括结局)动画都实际用一组图片代替。
两个版本实际是一回事，是大宇在WINDOWS操作系统开始普及的时候，不失时机推出的对新系统支持的版本，修正了95版中的部分BUG，并加入了对物品和技能的相关说明，使玩家容易上手，并且将原来以图片表示的剧情改用动画，精心制作了片头、片尾动画，音乐改为MIDI。不过画面和游戏剧情都几乎和 DOS版完全相同(仅对隐龙窟大殿、树洞迷宫、试炼窟女娲宫遗址等少数场景进行了修饰*的重画)。所谓的“柔情篇”实际上就是现在在网上能下载到的98版，一般是不包含片头、片尾动画的。
这三个版本实际上也是一回事，是大宇在2001年为《仙剑2》作铺垫而推出的版本。该版本在忠实原著的基础上，对所有的人物、场景、迷宫进行了全盘重画，对所有的音乐、片头、剧情、片尾动画也都全部重新进行精心制作，一进入游戏就给人以唯美的感觉；在物品的装备和使用上又做了改进，可以在装备和使用之前对效果进行预览；增加了紫金葫芦的炼*和“蛊物炼化”两个新的系统，玩家根据需要炼化出自己心怡的物品(如金蚕王、隐蛊等，原来可都是高价难求之物啊)；在剧情方面，增加了罗刹洞(梦境)、罗刹洞(回魂仙梦)，*后一战在殿前对拜月后增加了水下对拜月与水魔兽的合体怪兽，阿奴的登场时间也提前到了余杭镇码头(**次从仙灵岛回后)，总之将98版中因故没有描写的部分加入了其中，并且为了弥补悲剧结局的缺憾，在正常结局对仙2进行预告外，如果能在将36只傀儡虫交给圣姑前收集全所需要的特定物品，并对赵灵儿/林月如施行特定操作，就可以开启对应人物的**结局。当然，这个版本也太大了，有1.8G之巨，而且只支持WIN98，在WIN2000/xp/2003中虽可正常运行，但在一些自然形态的迷宫中切换场景时，容易出现莫名退出。至于“灵儿版”和“月如版”，都是新仙剑的不同版本，包装和赠送品不同。
是大宇为配合《仙剑奇侠传》电视剧的开播而发行的版本，仅仅只是在新仙剑的基础上增加了对WIN2000/xp/2003的支持，并修正了部分BUG，除此之外，和新仙剑没有什么区别。但其简体版并未发行。
附一：新仙剑剧情与98版的不同之处：
一开始，增加逍遥梦境，其中会遇到土妖，会影响结局
0、盛渔村码头，李逍遥**次从仙灵岛回来时，会遇到阿奴
1、隐龙窟，用打狐妖得到的石**打开石门，然后一一与所有女孩对话，才能出去
2、刚离开隐龙窟，李逍遥会遭小狐狸（苏媚）**。
3、白河村取*任务，须先单独操作林月如重走隐龙窟
4、鬼阴坛，赵灵儿被石长老抓走后，阿奴再次出现，为李逍遥疗伤。
5、扬州城，客栈中也必须打败姬三娘
6、扬州城，收服姬三娘后，再探监时，不用交费
7、蛤蟆坡，不带那个书生，剑圣就不会出现。
8、蛤蟆洞，金蟾鬼母和大蛤蟆改在出口处
9、尚书府，与林天南比武，据说达到某种特殊条件，会得到林天南指点，学会七诀剑气
10、蜘蛛林，*娘子须**形（须胜）与本身（坚持8回合）
12、桃源村，增加食蛊鸟**，可得食蛊鸟
13、大理城，增加**崔浩然，会*走你所有金钱，不过，如果要玩月如结局，在从10年前回来后，请可怜一下他吧。
14、10年前，南绍城郊，增加阿蛮（阿奴的娘）
15、巫后印封水魔兽后，会被拜月堵截，对战石长老，战胜后，石长老被凤凰啄瞎一只眼；然后会被凤凰带到罗刹洞，战胜罗刹鬼婆与假月如。
16、10年前盛渔村，得到水灵珠后，须找方老板，到苏州城，遇小月如后，才能回现实
17、试练窟，女娲遗址由一处改为五处；如果桃源村得食蛊鸟，在某处可玩小鸡吃虫游戏，奖励蛊卵
18、*后，要到水下迷宫去打拜月与水魔兽的合体怪兽
拜月被打败后强行与水魔兽合体,造成南绍国洪水泛滥,灵儿履行她女娲族的使命,印封拜月,与之同归于尽.在落日的余辉映照,天蛇杖缓缓落下。
一番悲痛之后，逍遥辞别阿奴，踏上返乡之路，阿奴黯然神伤地吹笛为他送行。
风雪茫茫，逍遥举步为艰，迷茫间，远远看见雪中的一棵大树下，一个*悉的身影在默默守候，(镜头拉近)原来是月如(这应该是圣姑所要的那36只傀儡虫的作用了)手撑一伞，怀抱忆如，正深情地望着逍遥。逍遥大步赶了上去……
大致与98版相同，不过在看结局之间还要在水下迷宫中找到拜月与水魔兽的合体怪兽，将其干掉后，灵儿伤口迸裂，垂死的拜月吸取灵儿流出的女娲血后，得到了不死之身，灵儿用旋风咒将逍遥和阿奴送出水面，自己则与拜月同归于尽(从这里起与98版完全相同，当然动画更美观，故情节省去)
1)标准结局：一段制作人员列表过后，镜头回到盛渔村(逍遥的家乡)，又回到了盛鱼村，玩家操纵王小虎。王小虎来到市集的木匠店，一名蛮不讲理的客人要求换椅子，学徒小贵子请求小虎请正在修篱笆的师父回店。小虎来到十里坡下的篱笆前，把事情告诉夫木匠师傅，木匠师傅便匆匆离去。王小虎来到十里坡顶，看见李逍遥正要跳到对面的山崖，秀兰在一旁劝住。李逍遥一下子跳了过去……十四年后，王小虎已长成身强力壮的青年了，在两个山崖中搭了一个桥，又是个风卷云残，预告仙剑2代剧情……
时机：把收集的36只傀儡虫交给圣姑之前。
条件：在罗杀洞1（梦境）时，没有问土妖，金钱也必须是0。
七大*蛊:金蚕蛊，孔雀胆，血海棠，断肠草，无影*，三尸蛊，鹤顶红。
鞭子系列：长鞭，九节鞭，金蛇鞭。
法宝系列：吸星锁，捆仙绳，雷火珠，血玲珑。
武器系列：金童剑，**剑，越女剑，凤鸣刀。
暗器系列：银针，袖里剑，透骨钉，梅花镖，无影神针。
其他物品：聚宝盆，七彩玉灵芝，灵心珠，六十六只傀儡虫，九只金蚕王。
一段制作人员列表过后，时间切换到8年后，身为蜀山代理掌门的逍遥处理完事务后回到林家堡，刚与林忠对话不到两句，后院传来尖叫之声，得知忆如被人**，一路追踪到隐龙窟大殿(沿途可发现散落的忆如衣物)，遇到“宝家林双侠”，与其中的小飞贼对战(不须打，只要防守几个回合即可)，却发现竟是忆如在胡闹，正要教训忆如，姬三娘(不要说忘了她是谁)神秘出现，与之力战(必须战胜)，却发现她使出了“斩龙诀”，追问，月如这才露出真容，一家人喜笑颜开
时机：替圣姑去试炼窑收集36只傀儡虫之前。
咒符系列：风灵符，水灵符，土灵符，雷灵符，火灵符，天师符。
*物系列：忘魂花，紫罂粟，醍醐香，**香，尸腐肉，蝮蛇涎，缠魂丝。
*虫系列：蜂巢，*龙砂，赤蝎粉，化尸水。
装备系列：玉镯，丝衣，香袋，绣花鞋，仙女剑，青丝巾，青锋剑，金罡珠，五*珠。
其他物品：青龙碧血玉，七颗女娲石，糖葫芦，寿葫芦。
只要有以上物品及符合条件，对灵儿使用青龙碧血玉，只要听到李逍遥在仙灵岛偷看灵儿洗澡的音乐，就表示成功了！
在剧情中灵儿还是会和拜月同归于尽，不过在天蛇杖落下之时，镜头慢慢地切换成了逍遥和灵儿深情对望………
一段制作人员列表过后，时间切换到8年后，仙灵岛上，忆如与六个小妖玩捉迷藏的游戏(其中有个叫阿皮的比较难找，须沿进岛方向在下方有树一侧慢慢调查)，找完后，李大娘来叫忆如回去吃饭，半路上忆如又去抓蝴蝶。逍遥只得亲自去找忆如，在水月宫外遇到灵儿，共忆往事，这时，忆如也回来了……
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